MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechocystis sp. PCC 6803 plasmid pSYSM

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005229	T	6	6	55	60	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005229	TTA	2	6	148	153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005229	ATC	2	6	461	466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_005229	AGA	2	6	475	480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005229	T	7	7	489	495	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_005229	TAT	2	6	552	557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005229	AG	3	6	952	957	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005229	TTG	2	6	1089	1094	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_005229	CAG	2	6	1843	1848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_005229	TTAC	2	8	1913	1920	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_005229	AG	3	6	1948	1953	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005229	ATT	2	6	1956	1961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005229	TC	3	6	2017	2022	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_005229	AAT	2	6	2030	2035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005229	AAG	2	6	2052	2057	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_005229	TAA	2	6	2106	2111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005229	TAT	2	6	2112	2117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005229	A	6	6	2132	2137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005229	AAT	2	6	2149	2154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_005229	ACAAA	2	10	2177	2186	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_005229	AATCA	2	10	2222	2231	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_005229	CT	3	6	2233	2238	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_005229	TCG	2	6	2253	2258	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_005229	CTG	2	6	2278	2283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_005229	TAT	2	6	2290	2295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005229	TC	3	6	2323	2328	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_005229	CTC	2	6	2351	2356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_005229	ATT	2	6	2419	2424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_005229	T	6	6	2471	2476	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005229	TCTA	2	8	2489	2496	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_005229	ATC	2	6	13966	13971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_005229	AT	3	6	14083	14088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_005229	TAG	2	6	14107	14112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005229	GTCT	2	8	14170	14177	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_005229	T	6	6	14322	14327	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005229	GCCATC	2	12	14344	14355	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_005229	AGG	2	6	14356	14361	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005229	CCGG	2	8	14542	14549	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_005229	T	7	7	15153	15159	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005229	T	7	7	15195	15201	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005229	TAA	2	6	15499	15504	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005229	TAAA	2	8	15523	15530	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_005229	CTTT	2	8	15558	15565	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_005229	CTG	2	6	15612	15617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_005229	ATT	2	6	15623	15628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005229	TTC	2	6	15821	15826	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_005229	AGA	2	6	15929	15934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005229	TC	3	6	15950	15955	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_005229	CTT	2	6	16340	16345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_005229	ATC	2	6	16351	16356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_005229	AGT	2	6	16362	16367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005229	CAT	2	6	16427	16432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_005229	TGG	2	6	16471	16476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005229	ATA	2	6	16500	16505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005229	AAT	2	6	16512	16517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005229	ATT	2	6	16595	16600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005229	GGTTA	2	10	17172	17181	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_005229	TCAAG	2	10	17450	17459	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_005229	CTA	2	6	17538	17543	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_005229	AAAAC	2	10	17554	17563	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_005229	TAT	2	6	17640	17645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005229	TCA	2	6	17658	17663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_005229	ATT	2	6	17704	17709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005229	A	7	7	17720	17726	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005229	TAAT	2	8	17758	17765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_005229	ATTT	2	8	17800	17807	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005229	T	7	7	17865	17871	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005229	A	7	7	18809	18815	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005229	AGT	2	6	21778	21783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005229	AT	3	6	21798	21803	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005229	TAA	2	6	23221	23226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_005229	CTC	2	6	24140	24145	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_005229	TA	3	6	24148	24153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005229	TAA	2	6	25958	25963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005229	CAT	2	6	27753	27758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_005229	T	6	6	27763	27768	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005229	AAG	2	6	27782	27787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005229	T	6	6	27796	27801	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005229	ATT	2	6	27809	27814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005229	AGA	2	6	27823	27828	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005229	TAGT	2	8	27836	27843	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_005229	T	6	6	30172	30177	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005229	T	6	6	30196	30201	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005229	AAAGAT	2	12	30238	30249	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005229	G	7	7	31004	31010	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005229	TCA	2	6	31077	31082	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_005229	CAAA	2	8	31084	31091	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_005229	CAA	2	6	31178	31183	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_005229	TTC	2	6	31206	31211	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_005229	CTA	2	6	31226	31231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_005229	ACT	2	6	31242	31247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_005229	TGA	2	6	31285	31290	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005229	AGA	2	6	31316	31321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_005229	GGAG	2	8	31388	31395	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
95	NC_005229	ATT	2	6	34654	34659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005229	ATT	2	6	34690	34695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005229	TG	3	6	34709	34714	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005229	A	7	7	34725	34731	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005229	CTCC	2	8	36372	36379	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_005229	C	6	6	36378	36383	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
101	NC_005229	ATA	2	6	38145	38150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_005229	A	6	6	38156	38161	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_005229	TCG	2	6	38203	38208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_005229	TGTC	2	8	38216	38223	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_005229	AGT	2	6	38325	38330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005229	CT	3	6	38354	38359	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_005229	AAT	2	6	38380	38385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005229	GAT	2	6	38399	38404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005229	TTTA	2	8	38751	38758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005229	GCC	2	6	38777	38782	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_005229	GAA	2	6	38811	38816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_005229	TAAT	2	8	38850	38857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005229	GAA	2	6	38944	38949	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005229	T	6	6	38986	38991	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005229	CTT	2	6	40217	40222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_005229	T	7	7	40224	40230	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005229	TCC	2	6	40247	40252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_005229	ACA	2	6	40308	40313	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_005229	GTA	2	6	40404	40409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005229	GCC	2	6	41254	41259	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_005229	GAT	2	6	41286	41291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005229	A	6	6	42429	42434	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_005229	GAG	2	6	49651	49656	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005229	TCAA	2	8	49677	49684	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_005229	GA	3	6	52352	52357	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005229	ACC	2	6	53005	53010	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_005229	ACC	2	6	53031	53036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_005229	AAACA	2	10	54042	54051	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_005229	TCA	2	6	54092	54097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_005229	A	7	7	54097	54103	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_005229	TCT	2	6	56352	56357	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_005229	TGA	2	6	56370	56375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_005229	CT	3	6	56512	56517	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_005229	CTG	2	6	56599	56604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_005229	G	9	9	56649	56657	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005229	TCT	2	6	56689	56694	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_005229	TC	3	6	57888	57893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_005229	CTT	2	6	57930	57935	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_005229	TAA	2	6	65275	65280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_005229	CTGA	2	8	65318	65325	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_005229	CAAG	2	8	66465	66472	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_005229	G	6	6	66492	66497	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
143	NC_005229	CTT	2	6	66557	66562	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_005229	CAC	2	6	66586	66591	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_005229	ATC	2	6	66612	66617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_005229	GTCA	2	8	66622	66629	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_005229	AATT	2	8	66652	66659	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_005229	AACA	2	8	66668	66675	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_005229	AT	4	8	66711	66718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.